일본에서 미성년자가 친구들과 2박3일 여행 시 숙박 방법은 다음과 같습니다:

1. **청소년 전용 숙소 이용:** 일본에는 미성년자 보호자를 동반한 경우 숙박이 가능한 청소년 전용 게스트하우스나 호텔이 있습니다. 예약 시 미성년자임을 알리고 보호자 동반 여부를 확인해야 합니다.

2. **보호자 동반:** 만 18세 미만인 미성년자는 보호자(부모 또는 법적 guardian)가 동반하거나 미리 동의서 또는 허가서를 제출해야 하며, 일부 숙소는 성인 동반을 요구합니다.

3. **호스트의 허가 필요:** 대부분의 호텔이나 게스트하우스는 미성년자의 숙박을 위해 부모나 보호자의 허가서 또는 동의서를 요구하며, 예약 시 미성년자임을 명확히 해야 합니다.

4. **단기 체류 허가:** 유학생이나 여행객의 경우, 여행 목적의 방문으로 체류할 수 있으며, 숙소 예약 시 미성년자임을 알리고 필요한 서류를 준비하면 됩니다.

즉, 미성년자가 일본에서 친구들과 숙박하려면 보호자 동반 또는 동의서를 준비하고, 미성년자 전용 숙소 또는 보호자와 함께 예약하는 것이 안전하고 일반적인 방법입니다.